После нападения инопланетян на Нью-Йорк Фил Колсон вынужден заново вербовать агентов для "Щ.И.Т.-а". Все потому, что таинственная организация "Гидра" не дремлет и продолжает стремиться к глобальному доминированию. Новыми сотрудниками становятся девушка-пилот по имени Мелинда Мэй, которая неплохо владеет навыками рукопашного боя и мастерски управляет летающим авианосцем агентства. Следит за техническим состоянием оборудования, другая барышня Лео Фитц, одаренный инженер, способный в кратчайшие сроки устранить любую поломку. Исследованиями улик и химическим анализом занимается начальник лаборатории Джемма Симмонс. Аналитиком и хакером организации является Скай, а полевым агентом Грант Уорд.
Боевым крещением группы становится расследование деятельности злодея под псевдонимом Ясновидящий. Под его покровительством разрабатывается проект "Сороконожка". Команде нужно выяснить, что именно он из себя представляет и устранить угрозу до её возникновения. По мере изучения улик, становится ясно, что в организацию "Щ.И.Т." проник тайный агент "Гидры", и вычислить его нужно как можно скорее.